其中親自執筆的《掙扎的帝國》可說是他最重要的元明研究著作。
從氣候遽變的觀點出發，探討元明帝國的發展與興衰。
蒙古人在一二七○年代席捲中國，改變了中國歷史的進程。這個歷時一千五百多年造就的儒家帝國，突然之間進入了異族統治階段。中國未來的模樣，在元朝於一二七九年一統天下之後，不再是從前的面貌。四個世紀之後，另一批來自塞外草原的入侵者取代了明朝，展開另一段外族統治。《掙扎的帝國》探索中國在這兩次戲劇性的外族入侵之間，究竟發生了什麼事情，並以此為背景，呈現出中國第一個連貫的生態歷史。卜正民此番探討中國專制、社會複雜性和商業化，並特別關注中國朝代的成立和南海經濟，是繼《維梅爾的帽子》之後，另一扛鼎力作。
這是一部十三到十七世紀之間中國歷史的清晰概觀上乘之作。卜正民以優雅的文筆、嫻熟的技巧，運用故事和奇聞軼事，闡明歷史的發展趨勢。——牛津大學教授戴彼得（Peter Ditmanson）
一部快節奏而引人入勝的元明兩代歷史，人們會一讀再讀，樂在其中。——知名歷史學家鮑德威（David D. Buck），《加拿大歷史學報》（Canadian Journal of History）
這是一部雅俗共賞、學術界和通俗讀者都會感興趣的罕見作品。流暢可讀的行文與引人入勝的說書敘事，加上對於整體歷史的強調，讓任何程度的學生都更加能夠理解……《掙扎的帝國》是當今中國史研究最重要的權威學者所寫，對元明兩朝歷史的宏觀研究之作。——夏威夷大學歷史系副教授王文生，《世界史學報》（Journal of World History）
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